Sólo un día después de regresar del pasado, Batman y sus aliados descubren que el mundo no es exactamente el mismo que dejaron. Toda la isla de Japón ya no existe y los héroes de la Liga de la Justicia tampoco. Pero antes de que puedan comprender lo que está pasando, los yakuza empiezan a llover literalmente del cielo. Secuela de la película anime 3D "Batman Ninja".

The Batman family has returned to the present to discover that Japan has disappeared, and a giant island - Hinomoto - is now in the sky over Gotham City. At the top sit the Yakuza, a group of superpowered individuals who reign without honor or humanity and look suspiciously like the Justice League. Now, it’s up to Batman and his allies to save Gotham!